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1. PRELEVEMENTS GENITAUX CHEZ LA FEMME

1.1. L'appareil génital féminin

Bactériologiquement, on distingue deux compartiments anatomiques:

L'appareil génital bas, présentant une flore commensale: vulve, vagin, exocol.

L'appareil génital haut, normalement stérile: endocol, cavité utérine, trompes, ovaires.

Appareil génital féminin

1.1.1. L'appareil génital bas et sa flore commensale

Il est en rapport étroit avec la peau et l'anus, ce qui explique la présence d'une abondante flore commensale.
La flore vaginale normale doit être bien connue pour éviter de fournir des résultats abusifs.

Composition et rôle de la flore vaginale

Micro-organismes dominants

Micro-organismes fréquemment rencontrés

Micro-organismes
occasionnels

Anaérobies de la flore digestive :

  • Lactobacillus spp, Lactobacillus acidophilus (= bacille de Döderlein): bacilles à Gram positif
  • Prevotella spp
  • Flore digestive : Streptococcus agalactiae, Clostridium, entérocoques, Proteus mirabilis
  • Flore cutanée : Staphylococcus epidermidis, corynébactéries

 

  • Gardnerella vaginalis
  • Candida albicans
  • Mycoplasmes

La flore vaginale commensale garantit un équilibre physiologique : elle empêche qu’une espèce se multiplie plus qu’une autre.

Variations de la flore vaginale en fonction de l'âge

  • Rôle des hormones

Les œstrogènes jouent le rôle le plus important en provoquant l'imprégnation glycogénique de la muqueuse vaginale (réserves de glycogène). Le glycogène est dégradé en acide lactique qui acidifie le vagin. L'acidification vaginale favorise le développement de Lactobacillus acidophilus aux dépends des autres espèces.
La flore vaginale évoluera donc au gré des sécrétions d'œstrogènes.

  • Évolution de la flore vaginale

Evolution de la flore vaginale

1.1.2. L'appareil génital haut, stérile

Les deux parties, basse et haute, sont séparées par l'endocol qui est une cavité fusiforme sécrétant en permanence la glaire cervicale. Cette glaire est un facteur essentiel de défense contre l'ascension bactérienne, par une action mécanique, chimique, et immunologique. Il s'ensuit que tout le haut de l'appareil génital est stérile.

Conclusions

La flore normale cervico-vaginale est abondante et variée. Toute analyse est d'interprétation difficile quand il ne s'agit pas de bactéries pathogènes spécifiques.

Le haut appareil est stérile. Tout prélèvement fait à ce niveau, s'il est correctement réalisé, sera facilement interprété (attention aux souillures par la flore vaginale quand le prélèvement est effectué par voie basse).

 

1.2. Physiopathologie des infections génitales féminines

 1.2.1. Situations cliniques

Vaginites et vaginites non spécifiques (=VNS= vaginoses)
(formes les plus fréquentes)

Cervicites
(inflammation du col de l’utérus)

Endométrite
(inflammation de l’endomètre)

  • Elles sont caractérisées par une leucorrhée (= pertes blanches), un érythème vulvaire, des brûlures.
  • 90% des vaginites sont dus à T. vaginalis, C.albicans
  • Les vaginites non spécifiques sont dues à Gardnerella vaginalis, Mobiluncus, Mycoplasma hominis
  • Manifestation sous forme de pseudo-vaginites avec saignements.
  • L'examen gynécologique met en évidence l'inflammation du col utérin.
  • Elles sont dues essentiellement à N. gonorrhoeae et Chlamydia trachomatis

Chlamydia trachomatis

Les infections génitales basses sont dues, soit à des agents pathogènes spécifiques contractés surtout au cours de rapports sexuels, soit à une prolifération anormale de micro-organismes commensaux vaginaux.

Les infections hautes sont dues, soit à une extension d'une infection basse (risque de salpingite : infection des trompes utérines), soit à un "accident" chirurgical, soit à une contamination lors de l'accouchement.

NB: il existe des leucorrhées physiologiques qui peuvent apparaître avant l'ovulation ou avant les règles.

1.2.2. Étiologie

Infections génitales dues à un agent pathogène spécifique

Certains micro-organismes, toujours absents de la flore commensale, auront une signification pathologique, quelle que soit leur abondance dans le prélèvement:
- Neisseria gonorrhoeae
- Chlamydia trachomatis
- Trichomonas vaginalis (parasite)    
- Haemophilus ducreyi
- Treponema pallidum.

Il s'agit d’infections sexuellement transmissibles (IST) : Document 1

Infections génitales dues à des micro-organismes de la flore commensale

vaginoses = vaginites  non spécifiques

Elles sont associées à un déséquilibre de la flore commensale du vagin. Les lactobacilles sont remplacés par une flore composée de:
- Gardnerella vaginalis*
- Mobiluncus** et autres anaérobies strictes (Prevotella, Veillonella...).

vaginites à Candida albicans

C. albicans, espèce commensale de la flore vaginale, peut devenir pathogène au cours d'une prolifération importante favorisée par l'acidification du milieu vaginal (contraception oestroprogestative, abus de savons acidifiants...).

autres vaginoses

Dues à des anaérobies strictes (flore intestinale), entérobactéries, entérocoques.
En milieu hospitalier: Acinetobacter, Pseudomonas.

 

*Gardnerella vaginalis
  • Petits bacilles à Gram variable, immobiles, pouvant être groupés par deux ou en palissades.
  • Culture délicate, en 48 à 72 heures à 37°C, en anaérobiose:

==> milieu non sélectif: gélose au sang frais de mouton ou humain (petites colonies gris-bleu, hémolyse ß visible seulement sur sang humain).

==> milieu sélectif: gélose au sang frais + colistine et/ou gentamicine et/ou acide nalidixique

Ex : gélose Gardnerella (avec hématies humaines, ac. nalidixique, colistine et amphotéricine B)

  • Identification: possible sur API Strep.

catalase -, oxydase-, hydrolyse de l'hippurate et de l'amidon, attaque du glucose
résistance aux sulfamides et optochine mais sensibilité au métronidazole et au triméthoprime.

  • Peut être isolé des voies génitales féminines en l'absence de toute symptomatologie, ainsi que dans l'urètre de l'homme (partenaires de femmes infectées).
  • Joue un rôle important dans le développement des vaginoses.
**Mobiluncus (vibrion anaérobie)
  • Bacilles incurvés à Gram variable, anaérobies stricts
  • Culture en anaérobiose, à 37°C, en 48 à 72 heures
  • milieu non sélectif: gélose au sang frais
  • milieu sélectif: gélose au sang frais + acide nalidixique et colistine.
  • Présent chez des porteurs sains (en petite quantité).

1.2.3. Cas particulier de la femme enceinte                                 

En cas de grossesse, certaines bactéries sont indésirables dans le vagin car elles risquent d'infecter le nouveau-né au moment de l'accouchement et de provoquer des troubles graves.

Cas particulier de la femme enceinte

1.3. Les différents prélèvements

1.3.1. Quand prélever?

  • En présence de signes cliniques d'infection: leucorrhées, prurit, douleurs pelviennes...
  • En cas de suspicion d'infection materno-fœtale: fièvre chez la femme enceinte, rupture prématurée des membranes...
  • Lors d'un dépistage systématique dans le contexte d'un partenaire atteint d’IST.

1.3.2. Lieux et modalités du prélèvement
           
Les prélèvements sont de préférence réalisés au laboratoire.

  • Ecouvillonnage simple vulvo-vaginal : recherche de streptocoques du groupe B chez la femme enceinte à 35 semaines d’aménorrhée.

 

  • Prélèvements sous spéculum :
  • Vaginal + exocol (prélèvement cervico-vaginal): en cas de vaginite, vaginose, rupture prématurée des membranes, menace d’accouchement prématuré, suspicion de chorio-amniotite.

 	Prélèvements vaginal sous spéculum

==> Endocol (après nettoyage de la glaire cervicale): recherche de Chlamydia et gonocoque.

1.4. Les étapes de l'analyse d'un prélèvement cervico-vaginal

En cas de signes cliniques de vaginite, on recherchera T. vaginalis, C.albicans, un déséquilibre de la flore vaginale (VNS) et, systématiquement, N. gonorrhoeae.

1.4.1. Examen macroscopique

L'aspect des leucorrhées peut être caractéristique dans certains cas:

  • Leucorrhées à C. albicans: blanchâtres, épaisses, peu abondantes.
  • Leucorrhées à T. vaginalis: verdâtres, nauséabondes, abondantes.
  • Leucorrhées des vaginites non spécifiques: blanchâtres, adhérentes, homogènes, abondantes, avec odeur d'amine (perception directe ou après ajout de potasse : test à la potasse).

Test à la potasse

But :
Ce test permet la mise en évidence d'amines telles que cadavérine, tyramine, histamine et putrescine, et permet de préciser l'étiologie de certaines infections vaginales. Le test à la potasse est généralement réalisé en parallèle à la mesure du pH vaginal (papier pH, échelle 4 à 8).
Mode opératoire :
Déposer une goutte de sécrétion vaginale sur une lame propre, puis ajouter une goutte de KOH à 10 %.
Le test est dit positif s'il se dégage une odeur nauséabonde caractéristique de poisson avarié.
Résultats :
Le test est :

  • négatif dans les vaginites à Candida.
  • toujours positif dans les vaginoses de déséquilibre de la flore.
  • parfois positif dans les infections à Trichomonas.

1.4.2. Examens microscopiques

  • Préparation à l'état frais
Etat frais

But

Technique

Observation

Recherche de Trichomonas vaginalis essentiellement, de Candida albicans.

  • Exprimer l'écouvillon dans quelques gouttes d'eau physiologique.
  •  Déposer une goutte entre lame et lamelle ou dans un hématimètre de type Malassez.

 

Eléments piriformes - Examen microscopique de la flore vaginale

  • Coloration de Gram et score de NUGENT-KROHN-HILLIER

Le compte rendu de la coloration de Gram comprendra tous les éléments suivants :

Cytologie

Flore

  • Noter l’absence ou la présence de cellules épithéliales (rares, quelques, nombreuses…)
  • Noter l’absence ou la présence de leucocytes (PN) (rares, quelques, nombreux…)
  • Noter l’absence ou la présence de « clue-cells » (= cellules indicatrices) = cellules de l’épithélium vaginal auxquelles adhèrent de très nombreuses bactéries, G. vaginalis et vibrions anaérobies.

Préciser si la flore est variée ou s’il y a une dominance d’un type morphologique.
Noter l’absence ou la présence (rares, quelques, nombreux…) de :

  • bacilles de Döderlein
  • levures
  • Trichomonas vaginalis
  • Gardnerella vaginalis (cf clue-cells)

Pour une meilleure appréciation de la flore vaginale, déterminer le score de NUGENT (voir ci-après).

 

Le score de Nugent permet de quantifier le déséquilibre de la flore. Un score est donné à chaque type de morphologie en fonction de son abondance.

Quantité par champ microscopique
(objectif x100 immersion)

>30

6 à 30

1 à 5

< 1

0

Lactobacillus
(bacilles à Gram positif, à bords parallèles)

0

1

2

3

4

Gardnerella et anaérobies
(bacilles à Gram variable, polymorphes)

4

3

2

1

0

Mobiluncus
(bacilles incurvés à Gram variable)

2

2

1

1

0

Interprétation du score de Nugent (addition des différents scores) : 3 groupes de flore vaginale

Interprétation du score de Nugent

  • Coloration de May-Grünwald Giemsa

Permet de bien repérer Trichomonas vaginalis, de confirmer la cytologie.

Morphologie caractéristique de Trichomonas vaginalis

    Trichomonas vaginalis, MGG
                    (x 1000)

Trichomonas vaginalis

  • Tableau récapitulatif des pathologies identifiables à l’examen direct après  colorations usuelles (Gram, MGG)

 

PRÉLEVEMENT
NORMAL

VAGINITE A
Candida  albicans

VAGINITE A
Trichomonas vaginalis

VAGINOSE = VAGINITE
NON SPÉCIFIQUE

CERVICITE A
Neisseria gonorrhoeae

Écoulement

-

-peu abondant
-blanchâtre
-épais

-abondant
-verdâtre
-nauséabond

-abondant
-blanchâtre
-adhérent
-homogène

-souvent inexistant
-leucorrhée épaisse et purulente, colorée

Inflammation

-

+

+ + +

  • (+/-)

+++

Test à la potasse

-

-

+/-

+

-

pH vaginal

< 4,5

4

> 4,5

> 4,5

 

Examens
microsco-
piques

 

Prélèvement vaginal normal


Gram

-cellules épithéliales (quelques à nombreuses)
-PN non altérés au cours de la 2ème moitié du cycle (+ à +++)
-dominance de la flore de Döderlein (ou flore variée)

VAGINITE A Candida  albicans


Gram

-assez nombreuses à nombreuses cellules épithéliales
-rares à assez nombreux PN
- nombreuses levures (+ filaments mycéliens)
-rares à assez nombreux bacilles de Döderlein

VAGINITE A Trichomonas vaginalis


MGG

-assez nombreuses à nombreuses cellules épithéliales
-assez nombreux à nombreux PN
-Trichomonas vaginalis + flore associée

VAGINOSE = VAGINITE NON SPÉCIFIQUE


Gram

-assez nombreuses cellules épithéliales
- peu ou pas de PN
-présence de « clue-cells »
-peu ou pas de bacilles de Döderlein
-Gardnerella vaginalis, Mobiluncus + autres anaérobies

CERVICITE A Neisseria gonorrhoeae


Gram

-très nombreux PN
-diplocoques à Gram négatif, intra- ou extra-cellulaires

1.4.3. Mise en culture

  • Choix des milieux d'isolement (et conditions d'incubation)

 

  • Milieu polyvalent riche : gélose chocolat polyvitaminée, incubation à 37°C en atmosphère enrichie en CO2.
  • Milieu sélectif des gonocoques : gélose chocolat vitaminée VCAT, incubation à 37°C en atmosphère enrichie en CO2.
  • Selon l'examen microscopique:

    -Drigalski, EMB ou Mac Conkey si prédominance de bacilles à Gram négatif (37°C, aérobiose)
    -gélose au sang frais + ANC si prédominance de coques à Gram positif (37°C, aérobiose)
    -gélose Sabouraud + CMP ou milieu chromogène pour levures si abondance de levures (37°C, aérobiose)
    -gélose Gardnerella si observation de « clue-cells » (48 heures à 37°C, anaérobiose).
                           

  • Ensemencements
  • Soit directement à partir de l'écouvillon: ensemencer le premier quadrant à l'aide de l'écouvillon, les autres à l'aide d'une pipette Pasteur.
  • Soit à partir d'une goutte du milieu d'expression de l'écouvillon.

1.4.4. Identification et antibiogramme

- d'une bactérie prédominante (autre que bacille de Döderlein!)
- d'une levure isolée sur Sabouraud + chloramphénicol ou milieu chromogène
- d'un gonocoque isolé sur milieu sélectif.

2. PRELEVEMENTS GENITAUX CHEZ L’HOMME 

2.1. L’appareil génital masculin

Appareil génital masculin

Urètre antérieur

Urètre postérieur + glandes annexes

Flore commensale variée

  • Staphylocoques
  • Corynébactéries
  • Entérocoques
  • Entérobactéries
  • Mycoplasmes

Normalement stériles

2.2. Les infections génitales masculines

Elles sont localisées :

  • Soit à la muqueuse urétrale : urétrites
  • Soit aux parties externes de l’appareil génital (lésions cutanéo-muqueuses)
  • Soit aux glandes annexes.

Un grand nombre de ces infections sont des infections sexuellement transmissibles (IST) et nécessiteront l’examen du ou des partenaires sexuels.

2.2.1. Les urétrites 

Ce sont des infections fréquentes, presque toujours sexuellement transmissibles a recherche d’une infection chez la ou les partenaires d’un homme atteint d’urétrite.

  • Signes cliniques

Une urétrite se manifeste par des brûlures à la miction, accompagnées d’un écoulement purulent.
Elle peut :

    • Etre aiguë : écoulement abondant, presque toujours purulent.
    • Etre subaiguë : écoulement peu abondant, rarement purulent; dysurie.
    • Devenir chronique : suite à une urétrite aiguë ou subaiguë non ou mal traitée, d’où prostatite, épididymite.

NB : chez l’homme, un écoulement en dehors de la miction est toujours pathologique.

  • Etiologie

Essentiellement Neisseria gonorrhoeae (blennoragie, 95% des cas avec une fois sur deux une autre IST concomitante) et Chlamydia trachomatis.
Egalement : entérobactéries (E. coli, Proteus, Klebsiella), streptocoques, Haemophilus parainfluenzae, Staphylococcus aureus, Gardnerella vaginalis, Trichomonas vaginalis, mycoplasmes, anaérobies de la flore de Veillon, Candida albicans.

NB1 : dans 25% des cas, aucun micro-organisme pathogène ne peut être isolé.
NB2 : dans certains cas, infections plurimicrobiennes.

2.2.2. Les autres infections génitales masculines 

  • Ulcérations génitales (lésions cutanéo-muqueuses) : dues à Candida albicans, Chlamydia, Treponema pallidum, Haemophilus ducreyi

 

  • Infections hautes : prostatite, orchite, épididymite, vésiculite : dues à l’extension d’une urétrite ou d’une infection urinaire. Elles doivent être suspectées devant toute urétrite chronique et/ou quand il existe des douleurs testiculaires ou prostatiques.

2.3. Les étapes de l’analyse

2.3.1. Prélèvement et transport 

Prélèvement sur l'appareil génital masculin

Le prélèvement urétral doit permettre :

  • La réalisation de frottis pour l’examen direct :
  • Lorsque des sérosités purulentes apparaissent au méat, il suffit d’appliquer les lames sur le méat en pressant légèrement.
  • Lorsque l’écoulement est trop faible, on peut réaliser un frottis à partir d’un écouvillonnage urétral ou bien on recueille les urines du premier jet qui permettront d’analyser le contenu de l’urètre entraîné en début de miction.
  • La mise en culture : un écouvillon est introduit dans le méat urétral sur 1 cm et chargé par rotation des sécrétions urétrales.

Remarque importante : pour la recherche de certaines bactéries cytoparasites (Chlamydia) ou fortement attachées aux cellules urétrales (Mycoplasma, Ureaplasma), il faut que le prélèvement contienne des cellules urétrales et pas seulement des sérosités. Ceci ne peut être obtenu que par raclage de la muqueuse urétrale à l’aide d’un écouvillon ou d’une curette introduits au-delà de l’ampoule urétrale sur 2 à 3 cm.

Le transport doit être aussi rapide que possible si le prélèvement n’est pas effectué sur place. En cas d’analyse différée, on doit utiliser un milieu de transport permettant d’assurer la survie du gonocoque (ex : gonoline).

                        2.3.2. Examens microscopiques 

Etat frais

MGG

Gram

Recherche de Trichomonas vaginalis et Candida albicans

  • Mise en évidence des inclusions de Chlamydia dans les cellules épithéliales
  • Mise en évidence de Trichomonas vaginalis (morphologie moins caractéristique que dans un prélèvement vaginal)
  • Evaluation semi-quantitative du nombre de leucocytes permettant d’apprécier l’intensité de la réaction inflammatoire (+, 2+, 3+)
  • Mise en évidence de gonocoques (diplocoques à Gram négatif en "grains de café" intra-ou extra-cellulaires. L’examen direct permet le diagnostic de gonococcie dans 90% des cas.
  • Mise en évidence de la dominance d’un germe
  • Orientation du diagnostic et choix des milieux d’isolement.

2.3.3. Mise en culture 

Infections génitales masculines : mise en culture du prélèvement

2.3.4. Identification et antibiogramme 

Prélèvement urétral : identification et antibiogramme

Conclusion : document 2 : tableaux récapitulatifs des diagnostics biologiques par syndromes (REMIC Edition 2010)

  • Dépistage IST (personnes asymptomatiques)
  • Leucorrhées
  • Urétrite
  • Ulcération des muqueuses

 

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Par Brigitte VERON - Collectif Photo-Reims